Богу богово... не мне решать, что для меня лучше.Обычно продукты для обработки видео должны работать с секвенциями файлов. Даже если png не принимается, то можно попробовать, например, tga. В крайнем случае можно даже в bmp затолкать альфа-канал (хотя это и не очевидно).