1. А так решил, потому что этого нет после удаления программы.
Если так, то деинсталлятор должен запускать программу через себя и следить за всеми обращениями на диск и в реестр. По крайней мере, я не вижу как это можно еще реализовать. Антивирус, по сути, делает то же самое, только еще и проверяет данные.