Но почему то у меня постоянно сохраняется одна и та же карта причем в черно белом формате и из разных эффектов. Видимо, что то не то.
Атлас строится для всех эмиттеров в ptc-файле. Текстуры обычно черно-белые, так как белый цвет легко перекрашивается в любой другой - цветные текстуры используются редко.
Я просто не очень понял, что не получается сделать. Атлас строится, ptc-файл тоже строится. Кидаете атлас в папку textures во враппере, а ptc-файл уровнем выше. Должно работать.
Текстурный атлас строить необязательно, а в процессе разработки это даже вредно из-за лишних телодвижений. Если атласа не будет, то враппер просто извлечет все текстуры прямо из ptc-файла. Атлас же полезен при релизе продукта, чтобы уменьшить время загрузки данных.
Если в коммерческой версии зайти в Правка->Настройки программы и поставить галочку "Сохранять всегда", то получаемый обычным способом ptc файл будет полностью совместим и с редактором, и с API, что позволяет держать одну копию файла на оба случая. Если галочка не включена, то эмиттеры типа "Картинка" и "Текст" не будут работать в API, но все остальные будут.